Pembedahan untuk mesothelioma lambung biasanya dilakukan di Departemen Bedah Umum atau Departemen Bedah Gastrointestinal, atau di Departemen Gastroenterologi jika perawatan gastroskopi dilakukan. Mesothelioma lambung dapat ditangani dengan pembedahan terbuka dan pembedahan laparoskopi. Pembedahan terbuka lebih aman tetapi lebih invasif, sedangkan pembedahan laparoskopi kurang invasif tetapi lebih berisiko. Dokter bedah yang berpengalaman sering kali dapat menggunakan teknik laparoskopi, tetapi jika mereka tidak cukup berpengalaman, bedah terbuka adalah andalan. Pendekatan pembedahan yang berbeda diperlukan untuk berbagai bagian mesothelioma lambung. Jika tumor berada di dalam tubuh atau fundus lambung, tindakan gastrektomi parsial dapat dilakukan. Jika tumor berada di kardia atau pilorus lambung, diperlukan reseksi besar lambung. Saat ini, dengan beberapa teknik baru, jika tumor pasien berukuran kecil dan berada di pilorus atau kardia, ESD endoskopik, yaitu diseksi mukosa, yang tidak terlalu merusak pasien, dapat dilakukan, dan biasanya dilakukan oleh departemen gastroenterologi.