Penyebab ensefalopati epilepsi perkembangan meliputi kerusakan organik, cacat metabolik bawaan, dan warisan genetik. 1. Kerusakan organik: Kerusakan organik seperti malformasi penembusan otak, megalensefali, dan displasia kortikal merupakan penyebab utama ensefalopati epilepsi perkembangan, yang biasanya disebabkan oleh trauma perinatal atau cedera yang tidak disengaja saat persalinan, yang menyebabkan kerusakan otak yang luas, sehingga mengakibatkan gangguan pematangan otak, dan gangguan pada interkoneksi antara jaringan subkortikal dan korteks. 2. Cacat metabolik bawaan: enzim metabolik yang berhubungan dengan mitokondria atau kelainan enzimatik yang berhubungan dengan metabolisme lainnya juga dapat menyebabkan ensefalopati epilepsi perkembangan. 3. Warisan genetik: Pasien dengan riwayat epilepsi dalam keluarga memiliki risiko kelainan genetik. Pasien-pasien ini biasanya bersifat bawaan, sulit diobati, dan memiliki prognosis yang buruk. Penyebab ensefalopati epilepsi perkembangan sangat kompleks, sehingga penting untuk pergi ke rumah sakit secara teratur untuk diagnosis dan pengobatan.