Efek samping lavage paru umumnya kecil, dengan beberapa orang mengalami demam dan hemoptisis. Bilas paru berarti bilas alveolar volume besar dan umumnya memiliki sedikit efek samping. Efek samping intra-operasi termasuk perdarahan dan kecelakaan anestesi dan komplikasi pasca-operasi seperti demam, hemoptisis, infeksi dan gagal napas, yang pada dasarnya dapat diperbaiki dengan pengobatan. Efek samping yang fatal dari lavage paru jarang terjadi, sehingga lavage paru merupakan pengobatan yang relatif aman. Untuk pasien dengan kondisi seperti pneumokoniosis dan penumpukan protein alveolar, jika kondisi tersebut terdiagnosis, lavage paru harus dipertimbangkan sedini mungkin, daripada menunggu hingga fungsi paru memburuk, ketika risikonya lebih besar dan kemungkinan efek sampingnya lebih besar.