Faringitis tidak berubah menjadi HFMD. Meskipun keduanya disebabkan oleh infeksi virus dan keduanya dapat muncul dengan gejala herpes di orofaring pada permulaannya, keduanya adalah penyakit yang berbeda dan belum tentu terkait. Faringitis biasanya disebabkan oleh infeksi seperti coxsackievirus, clostridium difficile, EBV dan haemolytic streptococcus. Infeksi paling sering dikaitkan dengan penurunan kekebalan tubuh, termasuk penyakit wasting (misalnya, keganasan), malnutrisi, pengerahan tenaga, dan penggunaan obat-obatan yang menekan fungsi kekebalan tubuh. Selain itu, leukemia juga dapat menyebabkan kerusakan pada jaringan mukosa isthmus faring, menyebabkan respons peradangan. HFMD disebabkan oleh berbagai infeksi enterovirus yang menyerang tubuh melalui saluran pernafasan atau pencernaan, dengan coxsackievirus A16 dan enterovirus 71 sebagai yang paling umum. Enterovirus menginfeksi tubuh dan dapat bereplikasi dalam jumlah besar di amandel, faring dan kelenjar getah bening usus, dan kemudian dilepaskan ke dalam aliran darah, selanjutnya menyebar ke kulit dan selaput lendir, sistem saraf, sistem pernapasan, jantung, hati, pankreas, dan kelenjar adrenal, menyebabkan serangkaian reaksi inflamasi pada jaringan dan organ yang sesuai, dan mengarah ke manifestasi klinis yang sesuai. Singkatnya, faringitis dan HFMD adalah penyakit yang berbeda dan tidak ada kemungkinan faringitis berubah menjadi HFMD. Pasien yang menderita faringitis atau HFMD disarankan untuk mencari perhatian medis aktif untuk meningkatkan prognosis mereka.