Abses hati ameba dan karsinoma hepatoseluler memiliki manifestasi klinis yang serupa. Abses hati ameba dini dapat salah didiagnosis sebagai karsinoma hepatoseluler, tetapi sering kali dapat dibedakan dengan pemeriksaan tambahan. Abses hati amuba adalah komplikasi infeksi amuba usus, yang sebagian besar bermanifestasi sebagai nyeri perut bagian kanan atas, demam, pembesaran hati, dan nyeri tekan. Jika nanah yang khas (coklat kecoklatan) diperoleh dengan tusukan hati, atau ditemukan trofozoit amuba dalam nanah tersebut, atau terdapat efek yang baik dari obat anti-amuba tertentu, maka diagnosis abses hati amuba dapat dikonfirmasi. Karsinoma hepatoseluler juga sebagian besar muncul dengan rasa sakit di daerah hati, pembesaran hati, dan demam, tetapi tingkat demamnya lebih rendah daripada abses amuba, dan gejalanya biasanya memburuk secara progresif, dan penerapan terapi obat amuba tidak efektif. Tes klinis seperti pengukuran alfa-fetoprotein, ultrasonografi hati, CT abdomen, pemindaian hati radionuklida, arteriografi hati selektif, dan pencitraan resonansi magnetik dapat digunakan untuk membuat diagnosis yang jelas. Tusukan hati dan tes pengobatan obat anti-amoeba juga berguna untuk membedakan, dan riwayat kesehatan pasien di masa lalu juga merupakan referensi yang sangat penting.