HCG bebas selama kehamilan harus dibaca “β-HCG bebas” yang mengacu pada serum human chorionic gonadotropin free β-subunit, yang dikaitkan dengan perkembangan kelainan kromosom pada janin, serta hasil kehamilan yang merugikan seperti kelahiran prematur, lahir mati, dan malformasi janin. Subunit beta bebas human chorionic gonadotropin serum yang abnormal tinggi pada pertengahan kehamilan meningkatkan risiko kelainan kromosom janin, gawat janin, preeklampsia, kelainan plasenta, kelahiran prematur, dan kualitas kelahiran yang rendah. Kelainan kromosom janin memiliki dampak paling serius pada hasil kehamilan yang merugikan, yang sebagian besar adalah sindrom Down, di mana anak-anak cenderung meninggal di awal kehidupan janin, dan sebagian besar yang selamat menunjukkan cacat bawaan seperti kecerdasan inteligensi (IQ) yang rendah dan gangguan perkembangan. Deteksi serum human chorionic gonadotropin free beta-subunit pada pertengahan kehamilan memiliki nilai diagnostik yang tinggi untuk kelainan kromosom janin. HCG disekresikan oleh sel trofoblas plasenta, dan merupakan salah satu dari tiga serangkai skrining pranatal untuk sindrom Down, dan penelitian telah menunjukkan bahwa indikator ini memiliki nilai yang tinggi untuk janin sindrom Down, tabung saraf terbuka, dan kelainan kromosom.