Amoksisilin adalah agen terapeutik untuk diare, karena penyakit infeksi pada sistem pencernaan adalah penyebab umum diare, dan sebagai obat antibakteri spektrum luas, obat ini memiliki efek antiinflamasi dan bakterisida pada berbagai bakteri sensitif di saluran pencernaan, seperti Streptococcus haemolyticus, Salmonella spp. Namun, sebelum menggunakan antibiotik, disarankan untuk pergi ke rumah sakit untuk analisis kultur darah dan feses rutin untuk memastikan jenis bakteri yang menyebabkan penyakit, dan kemudian menggunakan antibiotik yang ditargetkan untuk pengobatan simtomatik untuk menghindari penyalahgunaan antibiotik, yang dapat menyebabkan efek samping. Selain itu, pasien dengan diare harus diobati dengan kombinasi agen antidiare, agen penyeimbang elektrolit air, dan obat antikolinergik, seperti tablet antidiare, larutan rehidrasi oral, dan tablet atropin sulfat, sesuai dengan gejala penyakit yang sebenarnya.