Faktor embrio: Kromosom adalah pembawa materi genetik dan sangat penting dalam menentukan perkembangan embrio. Embrio yang berkualitas baik adalah embrio yang memiliki morfologi yang baik, jumlah sel yang tepat untuk masa perkembangannya, dan sedikit fragmen, tetapi embrio tersebut juga dapat memiliki kelainan kromosom yang dapat menyebabkan kegagalan implantasi, sehingga pemindahan embrio yang berkualitas baik pun tidak dijamin 100% berhasil. Faktor ibu: Implantasi embrio yang berhasil tidak hanya membutuhkan embrio yang memiliki potensi perkembangan, tetapi juga lingkungan yang sehat untuk implantasi, sehingga masalah-masalah berikut ini pada tubuh ibu juga dapat menyebabkan kegagalan implantasi embrio Lingkungan rahim yang buruk: Bila terdapat berbagai kelainan rahim seperti polip, fibroid submukosa, perlengketan rahim, endometritis, atau lapisan tipis, kemungkinan keberhasilan implantasi dapat berkurang. Cairan dalam tuba falopi: Cairan dalam tuba falopi mengandung berbagai campuran inflamasi yang dapat merusak embrio yang baru ditransfer, sehingga sangat mengurangi kemungkinan implantasi. Faktor imunologi: Jika mekanisme kekebalan tubuh ibu tidak normal, kehamilan akan mengakibatkan penolakan embrio oleh endometrium dan aktivitas sel pembunuh alami sistemik atau lokal yang abnormal, yang dapat menimbulkan efek toksik pada embrio dan mencegah implantasi. Kelainan pembekuan: Embrio bergantung pada suplai darah endometrium untuk implantasi. Suplai darah yang tidak memadai ke endometrium dan trombosis pada pembuluh darah kecil pada plasenta dapat menyebabkan berkurangnya kemungkinan implantasi atau peningkatan risiko keguguran. Faktor psikologis: Kecemasan, stres, depresi, dan faktor mental dan psikologis yang merugikan lainnya dapat menyebabkan gangguan endokrin, yang juga dapat mengaktifkan sistem stres tubuh dan menyebabkan gangguan pada kontraksi otot-otot rahim. Oleh karena itu, penyebab kegagalan implantasi embrio setelah transfer embrio yang berkualitas sangat kompleks dan bersifat individual, tubuh setiap orang berbeda dan memerlukan analisis khusus untuk setiap kasus untuk menemukan tindakan penanggulangan pengobatan yang tepat untuk meningkatkan tingkat implantasi embrio.