Kehamilan ektopik dapat dideteksi dengan USG vagina dan USG vagina dapat mendeteksi kehamilan ektopik jauh lebih awal dan lebih akurat daripada USG perut. Ketika seorang pasien didiagnosis hamil dan terdapat perdarahan yang tidak teratur dari vagina, tetapi USG perut gagal mendeteksi kantung kehamilan di dalam rahim, maka pasien disarankan untuk melakukan USG vagina. Hal ini dikarenakan pasien harus menahan kencing selama USG abdomen dan kandung kemih yang membesar akan menekan rahim serta adneksa bilateral. Jika kantung kehamilan berukuran kecil atau massa kehamilan ektopik berukuran kecil, maka akan sulit untuk dideteksi setelah dilakukan kompresi. Ultrasonografi vagina tidak memerlukan penahanan urin, karena panggul pasien lebih luas dan dapat dilihat dengan lebih jelas. USG vagina hanya dapat mendeteksi kehamilan ektopik jika pasien ektopik, tetapi kantung kehamilan sangat tidak aktif, belum membentuk massa yang terlihat dan telah mati dan diserap secara lokal, kehamilan hanya dapat ditentukan dengan memeriksa darah dan urin dan tidak dapat ditentukan dengan USG.