Kista ovarium yang berdiameter lebih dari 5 cm umumnya memerlukan pembedahan, dan terkadang kista ovarium yang lebih kecil juga memerlukan pembedahan.
Kista ovarium dengan diameter lebih dari 5 cm sering kali memiliki gejala klinis yang jelas dan biasanya memerlukan penanganan pembedahan yang cepat.
Untuk kista ovarium yang lebih kecil, sebagian besar merupakan kista fisiologis dan biasanya tidak memerlukan pembedahan, dan cukup dengan observasi rutin. Jika ukuran kista ovarium membesar dengan cepat selama proses observasi, atau jika gejala klinis yang jelas mulai muncul, perawatan bedah dini harus dilakukan.
Beberapa pasien dengan kista ovarium yang berukuran kecil tetapi dicurigai sebagai tumor ganas juga harus ditangani dengan pembedahan pada waktunya. Jika seorang wanita mengalami kista ovarium setelah menopause, meskipun ukurannya relatif kecil, ia umumnya harus menjalani pembedahan.