Infeksi HPV dapat divaksinasi, tetapi umumnya disarankan agar vaksin HPV diberikan setelah HPV sembuh. Vaksin HPV terdiri dari vaksin HPV bivalen, vaksin HPV kuadrivalen, dan vaksin HPV sembilan-valen, yang digunakan untuk mencegah penyakit, lesi, dan infeksi yang disebabkan oleh masing-masing jenis HPV yang dikandungnya. Untuk pasien yang terinfeksi HPV, vaksin HPV tidak memengaruhi vaksin HPV. Misalnya, jika Anda terinfeksi HPV tipe 43, Anda dapat memperoleh vaksin HPV bivalen karena Anda belum terinfeksi HPV tipe 16 dan 18, sehingga vaksin HPV bivalen akan tetap efektif untuk mencegah infeksi HPV tipe 16 dan 18. Namun, perlu diperhatikan bahwa pasien yang terinfeksi HPV yang diberikan vaksin HPV akan mendapatkan perlindungan yang lebih buruk dibandingkan dengan pasien yang negatif HPV. Oleh karena itu, umumnya vaksinasi HPV direkomendasikan untuk diberikan setelah pengobatan HPV menjadi negatif. Disarankan agar wanita mendapatkan vaksinasi HPV tanpa pernah terinfeksi HPV untuk mendapatkan efek perlindungan yang lebih baik dari vaksinasi.