Jika pasien tidak mengalami ketidaknyamanan klinis yang signifikan dan dapat mencerna serta menyerap secara normal, harapan hidup tidak akan terlalu terpengaruh setelah atresia esofagus disembuhkan. Atresia esofagus adalah kelainan bawaan kerongkongan yang terjadi pada bayi baru lahir. Atresia esofagus memiliki prognosis yang baik setelah perawatan bedah dan dianjurkan agar pasien menjalani operasi untuk memperbaiki kelainan bentuknya segera setelah diagnosisnya jelas, semakin dini perawatannya, semakin baik prognosisnya. Namun, beberapa pasien dapat mengalami komplikasi seperti pneumonia aspirasi, dehidrasi dan gangguan elektrolit, yang dapat dipulihkan secara bertahap melalui penanganan gejala yang agresif seperti rehidrasi, pemberian antibiotik yang tepat waktu, penyedotan tekanan negatif secara terus menerus, pemeliharaan ventilasi dan oksigenasi. Biasanya, esofagogram diperlukan 7-10 hari setelah pembedahan dan jika tidak ada fistula anastomosis esofagus, pasien dapat makan secara normal. Pasien juga harus berhati-hati dalam perawatan pasca operasi, terutama saat makan dalam porsi kecil dan sering untuk menghindari refluks.