Fisioterapi prostat, termasuk metode fisioterapi invasif dan non-invasif, dapat berbahaya, terutama metode fisioterapi invasif. Untuk perawatan fisioterapi invasif, instrumen fisioterapi ditempatkan ke dalam prostat melalui uretra atau melalui rektum. Prosedur ini dapat menyebabkan kerusakan pada uretra atau infeksi, yang mengakibatkan peningkatan rasa sakit, peningkatan keluarnya air seni, dan air seni berdarah secara kasat mata. Efek terapeutiknya sering kali lebih kecil daripada kerugiannya, sehingga penggunaan prosedur invasif untuk fisioterapi prostat tidak dianjurkan. Operasi non-invasif adalah gelombang mikro, inframerah atau pengasapan obat, iontophoresis, dll. Penyinaran fisik atau pengasapan obat dalam waktu singkat mungkin tidak berbahaya, sedangkan paparan gelombang mikro atau sinar inframerah dalam waktu lama dapat menyebabkan kerusakan pada organ lokal. Jika suhu terlalu tinggi, dapat menyebabkan disfungsi spermatogenik pada testis, kerusakan pada korda spermatika dan vas deferens karena perpindahan iradiasi lokal, dll., dan risiko lainnya.