Yang pertama adalah kelainan bawaan, seperti tidak adanya rahim atau rahim yang kecil secara bawaan, yang dapat menyebabkan tidak adanya menstruasi. Kedua, tidak adanya menstruasi dapat disebabkan oleh penyakit tertentu, seperti sindrom ovarium polikistik, tuberkulosis endometrium, tuberkulosis panggul, atau kegagalan ovarium. Sebagai contoh, tes darah untuk hormon seks dan fungsi tiroid, serta USG untuk memeriksa perkembangan rahim dan adanya tumor di panggul.