Latihan menahan napas dalam jumlah yang normal dan sesuai biasanya tidak berbahaya, tetapi latihan menahan napas yang tidak teratur dan berlebihan dapat melebihi kapasitas toleransi tubuh, menyebabkan kerusakan pada sistem pernapasan, peredaran darah, sistem saraf pusat, dan sistem lainnya.
1. Sistem pernapasan: olahraga menahan napas dalam waktu lama dapat menyebabkan alkalosis pernapasan dan asidosis karbonat karena kekurangan oksigen, dan dalam kasus yang serius, pernapasan akan terhambat dan gagal napas. Ketika tubuh kekurangan oksigen, tekanan parsial oksigen darah arteri akan turun, secara refleks merangsang pusat pernapasan sehingga pendalaman pernapasan dipercepat, terjadi hiperventilasi, mengakibatkan alkalosis pernapasan, hiperkapnia, dan sebagainya.
2. Sistem peredaran darah: latihan menahan nafas dalam waktu lama, sejak awal dapat terjadi percepatan denyut jantung, peningkatan tekanan darah, dll. Jika hipoksia berat, dapat membuat gangguan metabolisme energi miokard, meningkatkan beban jantung, sehingga mengakibatkan timbulnya bradikardia sinus, fibrilasi ventrikel, gagal jantung dan sebagainya.
3. Sistem Saraf Pusat: Ketika latihan menahan nafas yang berkepanjangan mengakibatkan hipoksia, sel-sel otak dapat berubah bentuk dan nekrosis, mengakibatkan sakit kepala dan hilang ingatan.
Latihan menahan nafas harus dilakukan sesuai dengan kemampuan seseorang, dan jika ada ketidaknyamanan, harus segera dihentikan dan segera mencari perawatan medis.