Secara umum, CT kepala tidak terlalu berbahaya. CT spiral saat ini dapat menyelesaikan seluruh proses pemindaian dalam satu kali pemindaian, yang cepat dan dosis radiasinya relatif rendah. Pada tahun 2012, standar diagnostik nasional untuk dosis radiasi untuk tomografi sinar-X diperkenalkan, dan dosis radiasi untuk memenuhi kebutuhan diagnostik CT kepala umumnya dikontrol pada 25 MGy, yang merupakan dosis tinggi yang tidak akan berdampak buruk pada tubuh manusia. Selain itu, ketika pasien datang ke dokter, kebanyakan dari mereka datang untuk mengatasi rasa sakit fisiknya, dan sebelum mengatasi rasa sakitnya, mereka harus mendiagnosis penyakitnya terlebih dahulu. CT kepala memiliki nilai diagnostik untuk pendarahan otak, infark otak dan tumor. Kerusakan yang disebabkan pada tubuh oleh sedikit paparan radiasi dapat diabaikan dibandingkan dengan manfaat yang diperoleh. Tetapi bahaya ini tidak cukup untuk menyebabkan kerusakan pada tubuh dan dapat dilakukan selama manfaat melakukan CT jauh lebih besar daripada bahaya bagi tubuh.