Penanganan malformasi saluran cerna pada bayi baru lahir adalah melalui pembedahan, tergantung pada lokasi spesifik terjadinya. Serta tingkat malformasi untuk mengembangkan rencana perawatan yang tepat. Malformasi saluran cerna neonatal jika lokasi lesi di saluran usus, gejala obstruksi usus, perlunya perawatan bedah tepat waktu; jika bayi baru lahir muncul gangguan elektrolit, perlunya memperbaiki gangguan elektrolit dan ketidakseimbangan keseimbangan asam-basa, untuk distabilkan setelah mengikuti perintah dokter melalui perawatan bedah, seperti anastomosis duodenum. Semakin dini malformasi saluran cerna neonatal diintervensi, semakin baik hasilnya, untuk menghindari terjadinya komplikasi serius pada bayi baru lahir, dan untuk memulihkan pencernaan dan penyerapan nutrisi sesegera mungkin, sehingga dapat mendorong pertumbuhan dan perkembangan normal bayi baru lahir. Malformasi saluran cerna neonatal mengharuskan orang tua untuk membawa bayi mereka yang baru lahir ke rumah sakit tepat waktu, dan mengikuti instruksi dokter untuk secara aktif merawat.