Prognosis ensefalitis septik secara langsung berkaitan dengan organisme penyebab dan kondisi fisik pasien, serta apakah pengobatan antibiotik yang efektif diberikan pada tahap awal atau tidak. Ensefalitis septik yang disebabkan oleh pneumokokus lebih sering terjadi di klinik, dan pengobatan antibiotik dapat diberikan kepada pasien, dan gejala pasien dapat berkurang secara signifikan dalam waktu sekitar 10-14 hari. Ensefalitis septik yang disebabkan oleh basil Gram negatif memiliki perjalanan yang sedikit lebih lama, berlangsung sekitar 3 minggu. Meskipun ada kemajuan yang signifikan dalam pengembangan antibiotik untuk ensefalitis septik, beberapa pasien dengan ensefalitis septik memiliki penyakit yang mengancam jiwa, dan beberapa pasien dengan meningitis ensefalitis septik memiliki defisit neurologis.