Kuantifikasi AFP yang tinggi umumnya terlihat pada kanker hati primer, hepatitis akut dan kronis, sirosis, tumor ovarium, dll. Selain itu, AFP dapat sedikit meningkat pada wanita selama kehamilan. AFP adalah indikator penting untuk diagnosis kanker hati primer dan pasien dengan kanker hati sering mengalami peningkatan abnormal AFP yang persisten. Selain itu, hepatitis akut dan kronis, sirosis dan hepatitis berat juga dipantau untuk mengetahui peningkatan AFP. Dalam obstetri dan ginekologi, AFP yang meningkat dapat dideteksi pada kondisi onkologis seperti kanker ovarium dan teratoma ganas. Selain itu, hal ini paling sering terlihat dalam keadaan kehamilan. Secara umum diyakini bahwa AFP disekresikan oleh hepatosit infantil yang baru lahir. Karena hepatosit janin tidak sepenuhnya terdiferensiasi, mereka mengeluarkan AFP dalam jumlah yang lebih tinggi, yang dapat melewati sirkulasi ibu-janin dan masuk ke dalam darah ibu, sehingga AFP yang meningkat juga dapat dideteksi dalam keadaan kehamilan. Oleh karena itu, meskipun AFP adalah jenis penanda tumor yang menunjukkan kemungkinan adanya tumor, sebagian besar wanita hamil harus menyadari bahwa AFP juga dapat meningkat dalam keadaan fisiologis. Namun demikian, hal ini hanya jika kemungkinan penyakit neoplastik komorbid dikesampingkan.