Gastroskopi tidak harus tidak menimbulkan rasa sakit, dan juga tidak dianjurkan, termasuk kolonoskopi, di mana pasien disarankan untuk menjalani kolonoskopi umum. Gastroskopi dilakukan melalui selang yang dimasukkan melalui mulut dan mungkin tidak nyaman sampai batas tertentu, tetapi selama pasien dapat bekerja sama dengan dokter tanpa menelan dan bernapas secara normal melalui hidung, pasien tidak akan merasa tidak nyaman dan dengan kerja sama yang baik, gastroskopi akan berjalan dengan lancar dan dapat diselesaikan dalam waktu sekitar 3-5 menit. Jika pasien memilih gastroskopi tanpa rasa sakit karena takut, ada kemungkinan setelah gastroskopi tanpa rasa sakit selesai dan pasien sadar, akan timbul efek samping anestesi, seperti pusing, mual, muntah, lemas, dan efek samping lainnya, sehingga disarankan untuk memilih gastroskopi normal.