Efek samping dari progesteron termasuk perdarahan vagina, jerawat, seborrhea, retensi cairan, penambahan berat badan, hirsutisme, perubahan suara, kerontokan rambut, dan efek androgenik lainnya. Efek samping lainnya adalah peningkatan sementara aminotransferase, sakit kepala, gangguan saluran cerna, perubahan libido, hot flashes, pengecilan ukuran payudara, gugup dan depresi, sakit perut, perubahan nafsu makan, dan artralgia. Tidak semua orang akan mengalami efek samping, efek samping ini bervariasi pada setiap orang dan tingkat efek sampingnya pun berbeda-beda. Progesteron adalah obat resep, pasien harus menggunakan kontrasepsi secara ketat saat mengonsumsi obat, pemeriksaan rutin pada fungsi hati, pasien dengan lipid darah tinggi, pasien diabetes perlu pemantauan rutin. Ketika pasien menggunakan progesteron, dianjurkan untuk menggunakannya di bawah bimbingan dokter, dan jika terjadi ketidaknyamanan, dianjurkan untuk mencari pertolongan medis tepat waktu, sehingga dokter profesional dapat membuat diagnosis dan memutuskan apakah akan terus minum obat atau tidak.