Atrofi iris umumnya sulit untuk diperbaiki melalui pembedahan.
Saat ini, belum ada pengobatan yang efektif untuk atrofi iris yang ditemukan di klinik. Umumnya, perlu untuk mengobati penyakit utama yang menyebabkan atrofi iris, seperti iritis dan glaukoma, untuk menghindari perburukan atrofi yang terus-menerus. Atrofi iris ringan tidak terlalu berdampak pada pasien dan sering kali sulit dideteksi, sehingga umumnya tidak memerlukan pengobatan.
Atrofi iris sedang dan berat dapat menyebabkan ketidaknyamanan, seperti fotofobia dan penglihatan ganda, dan tidak ada pengobatan yang dapat memperbaiki atrofi iris. Jika pasien mengalami ketidaknyamanan yang signifikan, implantasi iris buatan melalui pembedahan dapat digunakan untuk mengurangi ketidaknyamanan pasien.
Dianjurkan agar pasien dengan atrofi iris yang signifikan segera memeriksakan diri ke dokter untuk menilai kondisinya dan mengikuti petunjuk dokter untuk pengobatan.