Cara menangani tumor batang otak tergantung pada bagian batang otak mana tumor tumbuh, ukuran tumor, patologi spesifik dan kondisi umum pasien, serta pertimbangan komprehensif lainnya. Pembedahan biasanya direkomendasikan, tetapi sangat berisiko dan memerlukan persyaratan yang sangat tinggi dari rumah sakit dan dokter, yang sulit dipenuhi oleh rumah sakit umum. Jika pasien berisiko sangat tinggi untuk menjalani pembedahan, radioterapi dapat direkomendasikan. Meskipun kerusakan radioterapi kecil, namun tidak mencapai tujuan eksisi bedah lengkap, dan bahkan jika pembedahan dilakukan untuk mengeluarkan penyakit, beberapa di antaranya memerlukan radioterapi tambahan tergantung pada kondisi patologis setelah pembedahan. Sedangkan untuk kemoterapi, obat kemoterapi sulit masuk ke dalam cairan serebrospinal dan tidak terlalu berguna dalam pengobatan tumor batang otak. Terapi bertarget juga tidak tersedia sebagai obat yang baik.