Bahaya mesin fisioterapi terutama ada di dua area: pertama, perawatan fisioterapi apa pun dapat menghasilkan panas. Terlalu banyak panas dapat menyebabkan luka bakar dan memar pada otot, jaringan lunak, dan kulit di sekitarnya. Kedua, fisioterapi adalah tentang radiasi. Secara umum, jumlah radiasi tidak terlalu besar dan tidak terlalu mempengaruhi jaringan dan organ di sekitarnya. Namun, jika durasi setiap sesi fisioterapi terlalu lama, intensitas setiap sesi terlalu tinggi, dan waktu antar sesi terlalu singkat, tetap saja berbahaya bagi tubuh, terutama pada kelenjar, seperti kelenjar tiroid, testis pada pria, dan ovarium pada wanita, yang dapat membahayakan. Oleh karena itu, untuk orang muda, belum menikah dan tidak subur, durasi fisioterapi sangat dibatasi, yaitu tidak melakukan terlalu banyak dan tidak melakukannya terlalu sering.