Diuretik memiliki efek samping yang berbeda, tergantung pada lokasi dan mekanisme kerjanya. Diuretik dapat dibagi menjadi penghambat karbonat anhidrase, diuretik osmotik, diuretik tabular, diuretik tiazid, diuretik pengawet kalium, protein, dan peptida menurut tempat kerja dan mekanisme kerjanya. Efek samping dari berbagai diuretik berbeda-beda, terutama meliputi: penurunan volume darah, gangguan elektrolit, gangguan keseimbangan asam basa, hiperurisemia, ototoksisitas, batu ginjal dan endapan kalsium ginjal, penurunan toleransi glukosa, peningkatan trigliserida, dan sebagainya. Penggunaan diuretik tabular dalam jangka waktu lama dapat menyebabkan gangguan elektrolit, yang paling sering terjadi adalah hipokalaemia, hiponatremia, hipokalsemia, dan alkalosis hipokloremik. Hipokalaemia dapat menyebabkan kelemahan otot pada tungkai, distensi abdomen, dan dapat menimbulkan gejala seperti aritmia jantung. Hiponatremia menyebabkan gejala seperti pusing, lemah, mual, muntah dan kebingungan. Hipokalsemia dapat menyebabkan osteoporosis diuretik dan menyebabkan patah tulang. Penggunaan diuretik dalam jangka panjang akan menyebabkan kelainan pada metabolisme lemak tubuh dan metabolisme gula, yang akan menyebabkan peningkatan lipid darah dan glukosa dalam tubuh, terutama pada pasien diabetes, dan penggunaan diuretik dalam jangka panjang akan memperparah peningkatan glukosa darah. Penggunaan diuretik dalam jangka panjang akan memperburuk penyakit ginjal, yang akan menyebabkan kerusakan pada tubulus ginjal, dan secara serius menyebabkan hiperurisemia dan insufisiensi ginjal. Oleh karena itu, penggunaan diuretik harus dilakukan di bawah pengawasan dokter atau apoteker untuk menghindari konsekuensi yang merugikan dari pengobatan sendiri.