Efek samping Atropin 0,01% termasuk mulut kering, kulit memerah, pupil melebar, dan detak jantung yang cepat. Terdapat risiko reaksi alergi seperti konjungtivitis alergi dan blepharitis alergi. Meskipun konsentrasi atropin 0,01% sangat rendah, atropin juga dapat menimbulkan efek samping seperti mulut kering, kulit memerah, dan detak jantung yang cepat. Selain itu, obat tetes mata atropin merupakan pelumpuh otot siliaris, yang dapat melebarkan pupil yang menyebabkan fotofobia dan penglihatan kabur pada benda-benda dekat. Untuk pasien alergi, bahkan konsentrasi rendah pun dapat menyebabkan reaksi penyimpangan alergi, seperti konjungtivitis alergi dan blefaritis alergi. Gunakan tetes mata atropin 0,01% dengan kompresi pada area kantung lakrimal untuk mencegah toksisitas akibat terhirup ke dalam rongga hidung. Obat ini dikontraindikasikan pada pasien dengan glaukoma atau lesi organik yang jelas pada sistem kardiovaskular, dan tidak boleh digunakan pada pasien berusia di atas 40 tahun. Disarankan agar atropin 0,01% digunakan di bawah pengawasan medis untuk menghindari ketidaknyamanan.