Pengobatan klinis untuk pielonefritis terutama adalah obat anti infeksi serta obat untuk memperbaiki gejala. Pielonefritis adalah penyakit infeksi yang disebabkan oleh bakteri dan patogen lainnya, dan obat pengobatan utamanya adalah obat anti infeksi, seperti penisilin, sefalosporin atau antibiotik kuinolon untuk infeksi bakteri, yang biasa digunakan adalah amoksisilin, sefuroksim, levofloksasin, dan sebagainya. Infeksi jamur menyebabkan perlunya penggunaan obat antijamur, seperti itrakonazol, vorikonazol, flukonazol, dan sebagainya. Jika pasien memiliki gejala iritasi kandung kemih yang jelas, natrium bikarbonat dapat digunakan untuk membasakan urin dan mengurangi gejala iritasi kandung kemih. Semua jenis obat memiliki efek samping, seperti penisilin, antibiotik sefalosporin memiliki kemungkinan alergi yang parah, antibiotik kuinolon memiliki kemungkinan menyebabkan keterbelakangan tulang rawan, sehingga pilihan obat untuk pengobatan pielonefritis perlu dipilih oleh spesialis sesuai dengan organisme penyebab yang berbeda dari pasien dan tidak boleh digunakan sendiri.