Pasien dengan asidemia metilmalonat biasanya mengalami gejala gastrointestinal seperti diare, kembung dan muntah. Pasien neonatal mungkin menderita tangisan yang tidak dapat dijelaskan, hipotonia dan kelemahan otot. Beberapa pasien mungkin menderita diare dan kembung, yang dapat menyebabkan malnutrisi neonatal yang mengarah ke dehidrasi, atau bahkan gejala yang mengancam jiwa seperti koma, atrofi dan asidosis. Jika anak-anak menderita asidemia metilmalonat, mereka akan mengalami hambatan pertumbuhan, kekuatan mental dan fisik yang rendah, dan bahkan kemunduran. Gangguan kesadaran dan gangguan gerakan terjadi, serta kehilangan nafsu makan, yang sering menyebabkan kesalahan diagnosis dan salah diagnosis karena gejala-gejala ini. Pasien dewasa sering mengalami masalah pada sistem muskulo-neurologis, seperti pusing, sakit kepala, hemiparesis, mati rasa pada otot, dan tremor yang tidak disengaja.