Amoksisilin termasuk dalam kelompok obat penisilin dan dapat digunakan untuk mengobati H. pylori dan merupakan antibiotik pilihan pertama dalam rejimen pemberantasan H. pylori. Amoksisilin plus klaritromisin, atau amoksisilin plus ofloksasin atau amoksisilin plus furazolidon biasanya digunakan, dan harus berkonsultasi dengan dokter spesialis untuk mendapatkan pilihan antibiotik yang tepat. Selain itu, kombinasi obat jenis PPI serta bismut diperlukan untuk membentuk rejimen terapi empat kali lipat. Untuk pengobatan H. pylori, pasien harus minum obat seperti yang diresepkan oleh dokter. Kursus pengobatan biasanya 10-14 hari dan pasien harus benar-benar menjauhkan diri dari alkohol selama masa pengobatan untuk menghindari reaksi yang merugikan dengan obat. Pasien juga harus kembali ke rumah sakit 4 minggu setelah pengobatan untuk melakukan tes napas karbon 13 atau 14 untuk melihat apakah H. pylori telah diberantas.