Kecenderungan transplantasi sel punca limfoma untuk kambuh kembali berkaitan dengan fakta bahwa masih ada sel limfoma di dalam tubuh.
Transplantasi sel punca limfoma akan didahului dengan kemoterapi dan pra-pengobatan lainnya. Program pra-pengobatan ini dapat membunuh sel limfoma dalam tubuh secara maksimal, tetapi tidak dijamin 100%. Jika masih ada sel limfoma yang tersisa di dalam tubuh, begitu sel limfoma ini berkembang biak setelah transplantasi sel punca, maka akan menyebabkan kambuhnya limfoma.
Durasi kekambuhan limfoma setelah transplantasi sel punca juga menentukan prognosis pasien. Jika terjadi kekambuhan jangka pendek setelah transplantasi sel punca, prognosisnya sangat buruk; jika terjadi kekambuhan lima atau bahkan lebih dari sepuluh tahun setelah transplantasi sel punca, prognosisnya baik, dan kemoterapi dapat dilakukan lagi, yang sering kali dengan hasil yang memuaskan.