Pemeriksaan yang umum dilakukan pada anak-anak dengan penyakit Kawasaki meliputi tes darah rutin, tes urine, serta fungsi hati dan ginjal. Elektrokardiogram dan ultrasonografi jantung juga diperlukan, terutama pada anak-anak dengan keterlibatan jantung dini, untuk memeriksa kerusakan pada katup dan pembuluh darah besar. Sebagian besar anak dengan penyakit Kawasaki dapat diobati secara dini dan tidak memiliki gejala sisa. Namun, beberapa anak memiliki fungsi jantung yang tidak normal atau stenosis arteri akibat penyakit yang parah atau tertunda, atau respons yang buruk terhadap pengobatan.