Melanosis kolorektal dapat menyebabkan ketidaknyamanan saluran cerna, dan pada sejumlah kecil individu, gejala jantung atau sistemik.
Umumnya tidak ada tanda atau gejala khusus. Gejala klinis yang umum termasuk ketidaknyamanan saluran cerna, seperti kembung, sembelit, kesulitan buang air besar, dan pada sebagian kecil pasien, nyeri perut yang tidak jelas dan nafsu makan yang buruk.
Pasien dengan nigromegali kolon biasanya rentan terhadap hipokalaemia dan hiponatremia karena penyakit ini menyerang pleksus intramukosa pasien, yang menyebabkan disfungsi usus dan gangguan elektrolit. Ketika terjadi hipokalaemia dan hiponatremia, selain ketidaknyamanan gastrointestinal, dapat menyebabkan ketidaknyamanan jantung, seperti sesak dan jantung berdebar, serta ketidaknyamanan sistemik, seperti kelelahan, mati rasa pada tungkai, serta nyeri dan sakit otot.
Jika terjadi nigropati kolon atau gejala-gejala yang disebutkan di atas, disarankan untuk pergi ke rumah sakit sesegera mungkin dan mengambil tindakan yang relevan dengan bantuan dokter.