Komplikasi pasca-operasi yang paling umum dari fistula ani adalah disfungsi anal. Disfungsi anus, termasuk penyempitan anus dan inkontinensia anus. Inkontinensia anal sering kali disebabkan oleh gangguan berlebihan pada sfingter internal dan eksternal selama operasi fistula anal. Kemungkinan ada dua jenis inkontinensia anal: yang satu bersifat sementara; yang lain bersifat permanen. Jika hanya sfingter internal atau bagian dari sfingter eksternal yang dihancurkan selama operasi, hal ini tidak akan menyebabkan inkontinensia anus permanen, tetapi hanya inkontinensia anus sementara. Dalam kasus ini, melalui latihan fungsi anal dan penyembuhan luka pasca operasi, Anda biasanya dapat kembali ke tingkat sebelum operasi setelah dua minggu, jadi tidak perlu terlalu khawatir. Jika terlalu banyak sfingter anus eksternal yang rusak, ada risiko inkontinensia anus permanen. Dalam kasus ini, meskipun fungsi anal sudah dilatih dan meskipun luka tumbuh dan sembuh setelah operasi, masih akan ada dampak pada fungsi anal. Oleh karena itu, selalu disarankan untuk pergi ke bagian anorektal di rumah sakit biasa dan meminta ahli bedah anorektal yang berpengalaman untuk melakukan operasi fistula.