Efek dari tonsilektomi pada anak-anak adalah kondisi seperti defisiensi imun sementara. Efek jangka panjang saat ini masih kontroversial. Amandel adalah organ kekebalan tubuh dan terlibat dalam respons kekebalan tubuh. Pengangkatan amandel akan mengakibatkan gangguan kekebalan tubuh dan dapat meningkatkan kemungkinan tubuh terkena infeksi dalam jangka pendek. Namun, seiring bertambahnya usia, amandel akan menyusut secara bertahap setelah masa pubertas, jadi apakah ada efeknya dalam jangka panjang masih kontroversial. Untuk pembesaran amandel yang berlebihan yang mempengaruhi pernapasan, peradangan berulang, dan kegagalan untuk membaik setelah perawatan konservatif, eksisi bedah dapat direkomendasikan karena jelas bahwa kerugiannya lebih besar daripada keuntungannya, tetapi harus dilakukan oleh dokter profesional di rumah sakit, dan pembedahan harus dilakukan setelah penilaian dokter, dan pembedahan harus diobservasi setelah pembedahan, dan ketidaknyamanan harus ditangani secara tepat waktu.