Insiden penyakit ini adalah sekitar 9 hingga 19 per 100.000 anak, dengan tingkat kematian 1,5 hingga 2%. Insiden pada anak di bawah usia 5 tahun sekitar 80%, dengan lebih banyak laki-laki daripada perempuan, dan kerusakan arteri koroner terjadi pada sekitar 20% pasien. Insiden ini terutama terjadi pada anak-anak berusia 2 hingga 5 tahun, dengan wabah lokal yang biasanya terjadi pada akhir musim dingin atau musim semi. Penyakit Kawasaki biasanya merupakan penyakit yang dapat sembuh sendiri dengan fase akut sekitar 14 hari, dan merupakan penyakit yang dapat diobati dan sebagian besar anak sembuh total setelah fase akut tanpa penanganan lebih lanjut.