CT dapat mendeteksi batu saluran empedu serta memperjelas tingkat pelebaran saluran empedu, dan juga dapat mendeteksi batu yang tidak dapat dideteksi oleh sinar-X dan ultrasound. CT dapat menampilkan gambar dari berbagai tingkat sistem empedu dan menentukan penyebab dan lokasi obstruksi empedu. Ini adalah cara pemeriksaan yang lebih sensitif dan lebih baik daripada USG dalam mendiagnosis batu saluran empedu intra dan ekstra hati, dan CT dapat dengan jelas menunjukkan tingkat dilatasi saluran empedu sambil menampilkan batu. Namun, CT bukanlah pemeriksaan yang umum digunakan untuk batu saluran empedu, dan sering kali digunakan ketika USG tidak jelas. Saat ini, USG adalah tes yang lebih disukai untuk penyakit batu empedu, yang dapat mendeteksi lebih dari 90 persen batu, dan juga dapat mengetahui tingkat pelebaran saluran empedu dan lokasi obstruksi, efek diagnostiknya sedikit lebih buruk daripada CT, tetapi pemeriksaannya nyaman.