Secara klinis, endoskopi serat optik bronkus dapat digunakan untuk mengidentifikasi penyakit di saluran bronkus dan mengobatinya dengan tepat. Namun, beberapa pasien dapat mengalami efek samping endoskopi bronkus, seperti batuk iritasi yang lebih parah, atau bahkan mual dan muntah. Selain itu, karena mukosa saluran napas yang tipis, terdapat risiko tinggi terjadinya perdarahan akibat kerusakan mukosa saluran napas saat endoskop masuk. Jika endoskopi bronkus sering dioperasikan, kemungkinan besar akan menyebabkan reaksi inflamasi pada saluran napas dan infeksi bakteri sekunder, yang menyebabkan bronkitis atau bahkan pneumonia aspirasi.