Gejala sisa yang paling umum dari penyakit Kawasaki pada anak kecil adalah oklusi arteri koroner, stenosis atau trombosis koroner, atau bahkan pecahnya aneurisma koroner, yang dapat menyebabkan disfungsi miokard dan bahkan kondisi yang mengancam nyawa, dengan kemungkinan terjadinya sebesar 25%. Diagnosis dini penyakit Kawasaki dan pengobatan yang cepat dengan aspirin atau imunoglobulin dapat mengurangi risiko gejala sisa dan memperbaiki prognosis anak. Pada anak-anak dengan penyakit Kawasaki, fungsi jantung harus dinilai secara teratur selama masa remaja.