Semen tulang dapat menimbulkan komplikasi yang merugikan, atau efek samping, ketika digunakan. Beberapa efek yang umum terjadi adalah sebagai berikut: 1. Dapat menyebabkan nekrosis pada tulang di sekitarnya. Beberapa semen tulang dapat menghasilkan suhu yang relatif tinggi selama proses pemasangan. Suhu ini dapat ditoleransi oleh sebagian besar jaringan di dalam tubuh, tetapi jika jaringan tulang di sekitarnya mengalami kerusakan yang parah, maka dapat menyebabkan nekrosis jaringan parsial. 2. Kemungkinan terjadinya reaksi penolakan di dalam tubuh. Tekanan tinggi di dalam rongga medula dapat disebabkan oleh pemadatan semen tulang, yang mengakibatkan peningkatan tekanan di dalam rongga medula, yang dapat menyebabkan aliran balik partikel lemak ke dalam aliran darah, yang dapat menyebabkan komplikasi serius seperti emboli lemak. 4. Semen tulang juga dapat melepaskan pecahan-pecahan kecil dan masuk ke dalam aliran darah, yang dapat membentuk benda asing di dalam pembuluh darah atau bahkan emboli.