Gastroskopi dapat menimbulkan rasa tidak nyaman di tenggorokan, mual, muntah dan nyeri di perut. Setelah anestesi bekerja, endoskopi yang dilengkapi dengan kamera dimasukkan ke dalam perut dan sistem saluran cerna bagian atas diamati. Endoskop dapat menyebabkan kerusakan pada kerongkongan selama melewati kerongkongan, terutama jika terdapat penyumbatan pada kerongkongan, dan bahkan dapat menyebabkan kesulitan akses. Beberapa orang mungkin mengalami rasa sakit dan ketidaknyamanan di perut setelah obat bius habis. Jika Anda tidak dapat mentoleransi rasa sakit yang disebabkan oleh gastroskopi, Anda dapat memilih gastroskopi tanpa rasa sakit, yang dilakukan tanpa disadari sehingga tidak menimbulkan rasa tidak nyaman.