Ablasi septum, biasanya disebut sebagai ablasi miokard septum perkutan, merupakan pengobatan penting untuk kardiomiopati hipertrofik.
Ablasi septum perkutan dilakukan dengan menyuntikkan etanol anhidrat melalui kateter ke dalam pembuluh darah septum yang memasok septum hipertrofi, menyumbat pembuluh darah septum, menyebabkan iskemia, nekrosis, dan penipisan septum hipertrofi, yang berakibat hilangnya kontraksi miokard septum atau penurunan kapasitas kontraksi miokard septum, yang mengakibatkan pelebaran saluran keluar ventrikel dan menghilangkan sumbatan, sehingga memperbaiki gejala klinis pasien.
Perlu diperhatikan bahwa ablasi miokard septum perkutan tidak dapat dilakukan jika pasien memiliki penyakit katup mitral yang parah, dan harus berhati-hati pada pasien usia muda dan lanjut usia. Perhatian pasca-prosedur terhadap parameter hemodinamik diperlukan, serta pencegahan lepasnya kawat. Regimen pengobatan khusus direkomendasikan.