Menentukan apakah seorang anak menderita ensefalitis terutama didasarkan pada manifestasi klinis anak dan pemeriksaan tambahan. Pertama-tama, jika itu adalah ensefalitis virus herpes simpleks, pada awal penyakit, pasien akan mengalami perubahan yang jelas seperti sakit kepala, mual, muntah, dan juga sedikit perubahan kesadaran dan kepribadian, dan beberapa pasien akan mengalami hemiparesis, hemianopsia, hiperaktif, dan gejala lainnya. Pada permulaan ensefalitis virus, pasien cenderung mengalami serangan pada musim panas dan musim gugur. Gejala sistemik infeksi virus, seperti pusing, sakit kepala, umum, nyeri otot dan kehilangan nafsu makan, dapat terjadi pada permulaan penyakit. Ensefalitis tuberkulosis dikaitkan dengan gejala toksisitas tuberkulosis, seperti demam ringan, keringat malam (berkeringat secara tidak normal setelah tidur dan berhenti setelah bangun tidur), ketidakstabilan mental, dan dapat disertai dengan demam, sakit kepala, mual, muntah, dan gejala lainnya. Timbulnya ensefalitis kriptokokus baru lebih berbahaya, dengan gejala seperti demam, sakit kepala, dll. Seiring perkembangan penyakit, akan timbul iritabilitas, kehilangan ingatan, dan pada kasus yang parah, akan timbul gangguan kesadaran. Kedua, selain gejala klinis, meningitis pada anak harus dikombinasikan dengan pemeriksaan cairan serebrospinal, pemeriksaan CT atau MRI untuk menegakkan diagnosis yang jelas.