Wanita dengan infeksi ginekologi juga bisa mendapatkan vaksin HPV karena infeksi ginekologi tidak memengaruhi efektivitas vaksin HPV. Namun, jika seorang wanita mengalami peradangan ginekologi, ia harus diobati secara aktif. Misalnya, jika ia menderita vaginitis, ia perlu menjalani tes keputihan rutin untuk mendiagnosis jenis vaginitis tertentu, dan obat vagina harus diberikan sesuai dengan hasil tes. Dalam kasus mikosis fungoides, tersedia sumbat vagina dengan supositoria klotrimazol dan kapsul flukonazol oral, dan vulva perlu dicuci dengan losion inti merah. Waktu vaksinasi HPV, biasanya pada bulan kedua dan keenam setelah dosis pertama, serta dosis kedua dan ketiga, adalah normal selama tidak ada gejala yang jelas seperti demam, diare, atau pilek pada saat vaksinasi.