Tidak disarankan untuk menggunakan metronidazol secara intravaginal selama kehamilan, terutama pada 3 bulan pertama kehamilan, karena dapat diserap melalui plasenta dan kemudian mempengaruhi janin. Biasanya setelah bulan ketiga kehamilan, ketika janin sebagian besar telah berkembang, supositoria metronidazol dapat dimasukkan ke dalam vagina jika trikomoniasis lebih parah. Perlu diperhatikan untuk tidak menggunakan obat ini dalam jangka waktu yang lama untuk menghindari penggunaan dalam jangka waktu yang lama dan dalam dosis yang berlebihan yang dapat memberikan dampak yang signifikan terhadap janin. Selain itu, jika trikomoniasis parah dan tidak diobati, hal ini juga dapat memengaruhi pertumbuhan dan perkembangan janin dan dapat menyebabkan ketuban pecah dini, yang mengakibatkan kelahiran prematur.