Sebagian besar janin yang lahir dengan hidronefrosis ringan tidak terlalu bermasalah, tetapi ada juga yang lebih bermasalah atau dapat dikombinasikan dengan kelainan lain dan perlu dianalisis secara komprehensif. Hidronefrosis janin dapat disebabkan oleh lesi obstruktif pada saluran kemih dan lesi non-obstruktif seperti refluks vesikoureteral. Penyebab yang paling umum adalah obstruksi persimpangan pieloureteral, refluks vesikoureteral, obstruksi persimpangan vesikoureteral, katup uretra posterior, atresia uretra, dan obstruksi ginjal ganda. Dilatasi pelvis ginjal ringan, yang dalam banyak kasus tidak bersifat patologis melainkan sementara, mungkin normal atau fisiologis dan sebagian besar sembuh setelah lahir, dan beberapa kasus obstruksi saluran kemih yang parah hanya menunjukkan dilatasi pelvis ginjal ringan. Risiko malformasi kromosom adalah sekitar 30% bila hidronefrosis dikombinasikan dengan beberapa malformasi dan sekitar 3% bila hidronefrosis saja. Bila hidronefrosis terdapat pada janin, maka harus dikonsultasikan di rumah sakit biasa dan dirawat di bawah bimbingan dokter.