Penyebab pasti penyakit Kawasaki pada anak masih belum diketahui, tetapi mungkin ada hubungan genetik, baik dari ibu atau ayah. Selain itu, ada hubungan penting dengan infeksi bakteri atau virus, dan penelitian telah menunjukkan bahwa penyakit Kawasaki juga terkait dengan faktor autoimun, obat-obatan dan polusi lingkungan (iritasi kimia). Penyakit ini lebih banyak terjadi pada anak laki-laki daripada perempuan dan lebih mungkin terjadi pada akhir musim dingin dan awal musim semi. Penyakit ini merupakan salah satu penyebab utama penyakit jantung pada anak-anak dan tidak menular.