Di antara keganasan, prognosis kanker tiroid umumnya baik, dengan banyak kanker tiroid yang mengalami metastasis tetapi pasien bertahan hidup selama lebih dari 10 tahun. Ada banyak faktor yang terlibat dalam prognosis, seperti usia, jenis kelamin, jenis patologi, luasnya lesi, metastasis, dan pendekatan bedah, dengan jenis patologi yang paling penting. Sembilan puluh lima persen pasien dengan kanker tiroid yang terdiferensiasi dengan baik bertahan hidup untuk jangka waktu yang lebih lama, terutama pada karsinoma papiler, yang cenderung memiliki profil biologis yang baik dan prognosis yang terbaik, tetapi beberapa juga dapat menjadi karsinoma yang tidak terdiferensiasi dengan tingkat keganasan yang sangat tinggi, dan prognosis untuk karsinoma yang tidak terdiferensiasi adalah yang terburuk. Semakin besar tumor, semakin besar kemungkinan infiltrasi dan semakin buruk prognosisnya. Menurut data statistik, ada atau tidak adanya metastasis kelenjar getah bening tidak mempengaruhi tingkat kelangsungan hidup pasien, sedangkan adanya tumor primer yang tidak terkontrol atau kekambuhan lokal dapat meningkatkan tingkat kematian.