Terdapat kecenderungan genetik terhadap tiroiditis Hashimoto. Namun, ini adalah penyakit autoimun kronis yang terjadi akibat interaksi antara faktor genetik dan kekebalan tubuh. Meskipun penyebab tiroiditis Hashimoto belum sepenuhnya diklarifikasi, penelitian telah menunjukkan bahwa tiroiditis Hashimoto memiliki kecenderungan genetik tertentu dan termasuk dalam penyakit keturunan poligenik, di mana antigen leukosit manusia merupakan gen kerentanan, yang memiliki dampak lebih besar pada penyakit ini. Namun, tiroiditis Hashimoto tidak semata-mata disebabkan oleh faktor genetik. Tiroiditis Hashimoto juga merupakan penyakit tiroid autoimun kronis yang umum terjadi, sehingga biasanya dianggap sebagai hasil interaksi faktor genetik, kekebalan tubuh, dan lingkungan, seperti infeksi mikroba patogen, obat atau makanan yang mengandung yodium, kekurangan yodium, dan radiasi lingkungan. Pasien dengan tiroiditis Hashimoto perlu ditindaklanjuti secara teratur, memeriksakan kembali fungsi tiroidnya tepat waktu, dan secara aktif bekerja sama dengan dokter mereka sedini mungkin untuk pengobatan, dan umumnya memiliki prognosis yang baik.