Sebagai penyakit jantung bawaan dengan pirau kiri-ke-kanan, cacat septum atrium pada bayi mungkin tidak memiliki manifestasi klinis, atau dapat dimanifestasikan dengan pertumbuhan dan perkembangan yang mundur, lebih banyak berkeringat, kesulitan makan, sering masuk angin, berkeringat berlebihan, sesak napas setelah berolahraga, dan sebagainya. Jika defek septum atrium tipe foramen ovale sekunder kurang dari 5mm, tidak ada manifestasi klinis, dan hanya dapat dideteksi selama pemeriksaan USG; jika defek septum atrium 0,5-1 cm, beberapa anak akan menunjukkan gejala di atas; jika defek septum atrium lebih dari 1 cm, gejalanya akan lebih jelas. Pada kasus defek septum atrium tipe foramen ovale primer, manifestasi klinis defek septum atrium lebih jelas karena kombinasi regurgitasi mitral dan trikuspid secara bersamaan. Cacat septum atrium adalah bagian abnormal antara atrium kiri dan kanan, yang dapat menyebabkan tekanan yang lebih tinggi di atrium kiri dan tekanan yang lebih rendah di atrium kanan, mengakibatkan pirau dari kiri ke kanan, sehingga terjadi peningkatan aliran darah arteri pulmonalis, yang berhubungan dengan peningkatan pernapasan dan seringnya terjadi infeksi saluran napas, bergantung pada jenis cacat septum atrium dan diameternya. Bayi dengan cacat septum atrium harus diperiksa di rumah sakit spesialis saat ditemukan.