Untuk sebagian besar penyakit otak, MRI lebih unggul daripada CT. MRI lebih jelas, terutama untuk lesi pada fossa kranial posterior, karena adanya artefak pada dasar tengkorak dan batang otak serta otak kecil. Banyak rumah sakit sekarang memiliki MRI dengan pencitraan kerentanan magnetik, yang pada dasarnya sama dengan CT untuk pendarahan otak. Namun, ada banyak rumah sakit yang tidak memiliki pencitraan kerentanan magnetik, sehingga ada kelemahan dalam deteksi dini pendarahan otak. Disarankan bahwa jika pasien mengalami serangan penyakit yang tiba-tiba, CT kepala harus dilakukan terlebih dahulu untuk menyingkirkan pendarahan otak, dan kemudian MRI kepala lebih lanjut harus dilakukan untuk memastikan diagnosis.